Innerhalb eines DNA-Doppelstranges bilden sich spezifische Wechselwirkungen zwischen den Basen A und T bzw. G und C durch 2 bzw. 3 Wasserstoffbrücken aus. Korrekte B. findet immer zwischen einer Purin- und einer Pyrimidinbase statt. Dieser Sachverhalt wird bei der Hybridisierung einzelsträngiger Nukleinsäuremoleküle ausgenutzt.