Un conteneur réfrigéré ou conteneur frigorifique est un conteneur capable de maintenir une certaine température quelles que soient les conditions extérieures. Son contrôle est assuré par une transmission de ses paramètres à la passerelle. Le principe du conteneur est basé sur un dispositif de production de froid alimenté en courant par des prises électriques spéciales sur le moyen de transport, le plus souvent des portes-conteneurs. Sauf produits spéciaux nécessitant de l'air extérieur, seul l'air intérieur est refroidi via un moteur à l'arrière du conteneur. Cet air circule ensuite par le plancher pour se propager dans tout le conteneur uniformément puis remonte vers le haut du conteneur. Une fois arrivé en haut, l'air est capté par le moteur puis refroidi et réinjecté dans le système.

La température intérieure des conteneur peut varier entre +25°C et -25°C pour la majorité des conteneur. Pour certains produits, cette température peut descendre jusqu'à -60°C. L'asservissement de la température est géré par le système du navire qui transmet tous les paramètres aux commandants du navire.

Certains conteneurs réfrigérés sont aussi dotés d'un système de contrôle d'atmosphère, une technologie fournissant un niveau adéquat de gaz, retardant ainsi le processus de respiration pendant le transport. Ce système régule en permanence la température, l'humidité et les niveaux corrects d'oxygène, de dioxyde de carbone et d'azote à l'intérieur du conteneur réfrigéré, ce qui permet de prolonger la durée de vie du produit.

Dès que le conteneur est débarqué à terre, il est pris en charge par le service technique du port de livraison pour être traité dans les mêmes conditions qu'à bord.